自行開車
高速公路南下路線
一、國道1號至安定交流道下(311K)，接市道178(往善化方向)，右轉南科北路進入臺南園區。
二、國道1號至臺南系統交流道下(315K)，接國道8號(往新化方向)，於新市交流道下，行駛南科聯外道路至新港社大道左轉經紅橋進入臺南園區。
三、國道3號至善化交流道下(340K)，接市道178(往安定方向)，左轉至省道台一線，至西拉雅大道後右轉進入臺南園區。
四、國道3號至新化系統交流道下(346K)，接國道8號(往臺南方向)至新市交流道下，行駛南科聯外道路至新港社大道左轉經紅橋進入臺南園區。
高速公路北上路線
一、國道1號至臺南系統交流道下(315K)，接國道8號(往新化方向)，於新市交流道下，行駛南科聯外道路至新港社大道左轉經紅橋進入臺南園區。
二、國道3號至新化系統交流道下(346K)，接國道8號(往臺南方向)，於新市交流道下，行駛南科聯外道路至新港社大道左轉經紅橋進入臺南園區。
省道台一線北上路線
由臺南往新市方向直走至國道八號高架橋下左轉，至園區新港社大道經紅橋進入臺南園區。
省道台一線南下路線
由善化往新市方向南下，至西拉雅大道右轉進入臺南園區。
大眾運輸
一、臺鐵
(1)臺鐵南科站：由西側出入口出站後右轉步行至橋下，轉乘免費園區巡迴巴士藍線(南環線)進入南科臺南園區，並於「S2育成中心站」下車。
(2)搭乘計程車直接抵達南科育成中心。
二、高鐵台南站
(1)臺鐵：搭乘臺鐵沙崙線至「臺鐵南科站」，轉乘免費園區巡迴巴士南環線(藍線) ，並於「S2育成中心站」下車。
(2)園區免費巡迴巴士：高鐵台南站一樓車站大廳2號出口至3號公車月台，轉乘園區巡迴巴士-高鐵線(綠線)進入臺南園區。接駁車班次約1小時一班車，單趟行駛時間約 40 分鐘。
最新時刻表請參考https://www.stsp.gov.tw/web/WEB/Jsp/Page/cindex.jsp?frontTarget=DEFAULT&thisRootID=693#fsb 。
本中心停靠站點為「育成中心」，行駛路線為「南環線(藍線)」、「高鐵線及高鐵假日線(綠線)」。
(3)搭乘計程車直接抵達南科育成中心。
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